De novo VHH / nanobody design
Генерация single-domain VHH/nanobody binders.
Generative taskБиологическая и инженерная цель
Получить CDR-mediated VHH к epitope.
Возможные исходные данные
- target structure
- hotspots
- VHH framework
Что именно генерируется
- VHH CDR backbone/sequence
Классы генераторов
- target-conditioned-binder
Какие архитектурные подходы используются
| Стратегия | Что генерирует | Представление | Примеры | Ограничение | Sampling | Novel topology | Integrated scoring | Complexity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Antibody diffusion on VHH framework | VHH CDRs | SE(3) frames | RFantibody | Не полный IgG workflow | Diffusion + MPNN | CDRs only | RF2 | Trajectories |
Architecture-to-workflow consequences
| Архитектурное решение | Практическое следствие |
|---|---|
| VHH format | Не переносить выводы на Fv/Fab/IgG без отдельной evidence. |
Compute и deployment
- Как у RFantibody.
Доступные инструменты
| Инструмент | Generated object | Публикация | Evidence |
|---|---|---|---|
| BoltzGen | Binder sequence–structure and target complex | Preprint | 3–4 prospective binding/functional validation |
| HuDiff | Humanized variable-domain sequence around supplied CDRs | Preprint | 3 prospective binding validation |
| RFantibody | CDR backbones, CDR sequences, antibody–target complex proposals | Peer-reviewed | 3–4 prospective binding and functional validation |
Типовые workflows
Evidence summary
RFantibody: direct VHH evidence. BoltzGen: nanobody claims in preprint. HuDiff-Nb — humanization, не de novo binder.
Что нельзя сравнивать напрямую
- VHH ≠ IgG.
- Humanization of nanobody ≠ de novo nanobody.
Как выбирать
- De novo VHH — RFantibody.
- Не использовать HuDiff как binder generator.