| Active learning | Активное обучение | EVOLVEpro |
| Autoregressive generation | Авторегрессионная генерация | HuDiff, IgLM, PALM-H3, ProGen / ProGen2 |
| Autoregressive structure generation | Авторегрессионная генерация структуры | NR |
| Bayesian optimization | Байесовская оптимизация | NR |
| Coordinate diffusion | Диффузия координат | BoltzGen, Chroma, DiffAb, RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA), RFdiffusion |
| Few-shot mutation optimization | Few-shot оптимизация мутаций | EVOLVEpro, Makowski et al. affinity–specificity co-optimization |
| Flow matching | Flow matching | FlowDesign |
| Frame diffusion | Диффузия residue frames | FrameDiff, RFantibody, RFdiffusion |
| Geometric transformers | Геометрические трансформеры | AntiFold, ESM-IF1, tFold System |
| Graph neural networks | Графовые нейронные сети (GNN) | Chroma, dyMEAN, LigandMPNN, ProteinMPNN |
| Invariant models | Инвариантные модели | ESM-IF1 |
| Inverse folding | Inverse folding | AntiFold, BindCraft, ESM-IF1, LigandMPNN, ProteinMPNN, RFantibody, Structural evolution (ESM-IF1 complex) |
| Joint sequence–structure diffusion | Совместная диффузия sequence и structure | AbDiffuser, BoltzGen, DiffAb |
| Joint sequence–structure generation | Совместная генерация sequence и structure | AbDiffuser, AlphaProteo, BoltzGen, Chroma, dyMEAN, ESM3, FlowDesign, ProteinGenerator |
| Masked-token infilling | Заполнение masked-токенов | ESM3, EvoDiff, IgLM |
| Multi-objective optimization | Многокритериальная оптимизация | BindCraft, Humatch, Makowski et al. affinity–specificity co-optimization |
| Protein language models | Белковые языковые модели (PLM) | Efficient evolution with ESM-1v, ESM3, EVOLVEpro, IgLM, PALM-H3, ProGen / ProGen2, tFold System |
| SE(3)-equivariant networks | SE(3)-эквивариантные сети | AbDiffuser, DiffAb, dyMEAN, ESM-IF1, FrameDiff, RFantibody, RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA), RFdiffusion |
| Sequence diffusion | Диффузия в пространстве sequences | EvoDiff, HuAbDiffusion, HuDiff, ProteinGenerator |
| Torsion diffusion | Диффузия торсионных углов | NR |
| Zero-shot mutation scoring | Zero-shot оценка мутаций | Efficient evolution with ESM-1v, Structural evolution (ESM-IF1 complex) |