Главная / Задачи / De novo генерация backbone

De novo генерация backbone

Генерация новой белковой геометрии (обычно Cα/frames), без готовой topology.

Generative task

Биологическая и инженерная цель

Получить designable backbone, затем отдельно спроектировать sequence.

Стратегия	Что генерирует	Представление	Примеры	Ограничение	Sampling	Novel topology	Integrated scoring	Complexity
SE(3) frame/coordinate diffusion	Backbone frames/coordinates	Equivariant 3D frames	RFdiffusion, FrameDiff	Sequence нужно генерировать отдельно	Diffusion trajectories	Да	Обычно нет; self-consistency downstream	Число residues × denoising steps × trajectories

Архитектурное решение	Практическое следствие
Diffusion sampling	Runtime зависит от числа trajectories и steps.
Backbone-only output	Нужен inverse folding + independent folding.

Инструмент	Generated object	Публикация	Evidence
Chroma	Backbone/all-atom structure and sequence	Peer-reviewed	3–5 early prospective biophysical/structural validation
FrameDiff	Protein backbone	ICML 2023 main track (A*)	1 in silico generation/evaluation
RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA)	Protein backbone positioned around non-protein atoms; sequence typically downstream	Peer-reviewed	3–4 prospective structural/functional validation
RFdiffusion	Protein backbone / complex geometry; sequence is downstream	Peer-reviewed	3–4 prospective binding/functional/structural validation

RFdiffusion имеет сильное prospective evidence для общих белков, но не является antibody generator.