Framework redesign
Изменение framework вокруг сохранённых CDRs.
Generative taskБиологическая и инженерная цель
Повысить humanness/nativeness, сохранив binding, если это проверяется отдельно.
Возможные исходные данные
- parent VH/VL or CDRs
Что именно генерируется
- framework sequence / mutations
Классы генераторов
- humanization
Какие архитектурные подходы используются
| Стратегия | Что генерирует | Представление | Примеры | Ограничение | Sampling | Novel topology | Integrated scoring | Complexity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Iterative mutation humanization | Mutation set on framework | Sequence + gene classifiers | Humatch | Humanness ≠ immunogenicity | Greedy/iterative mutation | Нет | Humanness/pairing | Число mutable positions |
| Framework generation from CDRs | Whole V-region around CDRs | Sequence diffusion / AR diffusion | HuDiff, HuAbDiffusion | Binding retention нужно измерять | Diffusion | Нет | Nativeness | Sampling steps |
Architecture-to-workflow consequences
| Архитектурное решение | Практическое следствие |
|---|---|
| CDR fixation | Не исследует новый paratope. |
Compute и deployment
- Обычно дешевле de novo antibody generation.
Доступные инструменты
| Инструмент | Generated object | Публикация | Evidence |
|---|---|---|---|
| HuAbDiffusion | Whole humanized V-region sequences | Peer-reviewed | 2–3 retrospective + prospective binding claim |
| HuDiff | Humanized variable-domain sequence around supplied CDRs | Preprint | 3 prospective binding validation |
| Humatch | Humanized heavy/light variable-domain sequences and mutation set | Peer-reviewed | 2 retrospective evaluation on 177 humanized antibodies |
Типовые workflows
Evidence summary
Humatch retrospective; HuDiff preprint with limited prospective series.
Что нельзя сравнивать напрямую
- Humanization ≠ de novo antibody design.
Как выбирать
- Нужны paired VH/VL и прозрачный open tool — Humatch.