Motif scaffolding
Встраивание заданного функционального motif в новую supporting structure.
Generative taskБиологическая и инженерная цель
Сохранить motif geometry/sequence и достроить scaffold.
Возможные исходные данные
- motif coordinates or sequence motif
- contig specification
Что именно генерируется
- scaffold backbone and/or sequence
Классы генераторов
- backbone-structure-generator
- sequence-generator
Какие архитектурные подходы используются
| Стратегия | Что генерирует | Представление | Примеры | Ограничение | Sampling | Novel topology | Integrated scoring | Complexity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Coordinate clamping / contig diffusion | Scaffold around fixed motif | 3D frames with fixed region | RFdiffusion | Motif placement и hotspot choice критичны | Conditional diffusion | Да, вне motif | Downstream self-consistency | Contig complexity × trajectories |
Architecture-to-workflow consequences
| Архитектурное решение | Практическое следствие |
|---|---|
| Motif fixation | Модель не должна «размывать» функциональный сайт, но может плохо стыковать scaffold. |
Compute и deployment
- Много trajectories для редких успешных scaffolds.
Доступные инструменты
| Инструмент | Generated object | Публикация | Evidence |
|---|---|---|---|
| EvoDiff | Amino-acid sequence | Preprint | 1–2 in silico / retrospective |
| RFdiffusion | Protein backbone / complex geometry; sequence is downstream | Peer-reviewed | 3–4 prospective binding/functional/structural validation |
Типовые workflows
Evidence summary
Есть prospective motif-scaffolding campaigns у RFdiffusion; sequence-only motif presence слабее.
Что нельзя сравнивать напрямую
- Sequence motif scaffolding ≠ 3D motif scaffolding.
Как выбирать
- Есть 3D motif — RFdiffusion.
- Только sequence motif — EvoDiff, но без 3D гарантий.