Fixed-backbone inverse folding
Практический сценарий
Есть backbone (экспериментальный или predicted); нужно подобрать sequence.
Вход
- backbone coordinates
- design masks
Pipeline diagram
Sequence design
→Self-consistency folding
→Experimental validation
Mermaid diagram
flowchart TD
A[Backbone coordinates] --> B[Inverse-folding model]
B --> C[Designed sequences]
C --> D[Independent folding]
D --> E[Experimental validation]Стадии pipeline
| Стадия | Архитектурный класс | Что происходит | Генерация или оценка | Generator | Промежуточный объект | Альтернативы |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Sequence design | Graph/geometric inverse folding | Генерируются sequences, совместимые с backbone | generation | proteinmpnn | Designed sequences | ESM-IF1, LigandMPNN |
| Self-consistency folding | External structure predictor | Проверяется, сворачивается ли sequence в тот же fold | external_evaluation | NR | scRMSD / pLDDT | AlphaFold2 / ColabFold |
| Experimental validation | NR | Структура/функция измеряются независимо | experiment | NR | Validated designs | NR |
Hardware и runtime
ProteinMPNN inference часто CPU-feasible; точные цифры NR.
Evidence level
ProteinMPNN/LigandMPNN: prospective structural/functional. Likelihood ≠ affinity.
Точки отказа
- Плохой входной backbone.
- Interface geometry зафиксирована неверно.
- Ligand pose неверен для LigandMPNN.
Критерии решения
- Есть ли ligand/metal? Тогда LigandMPNN.
- Antibody? Тогда AntiFold, не vanilla MPNN.