Antigen-conditioned CDR-H3 generation (PALM-H3)
Практический сценарий
Есть antigen/epitope sequence и antibody framework; нужно сгенерировать CDR-H3.
Вход
- antigen/epitope sequence
- antibody framework/context
Pipeline diagram
CDR-H3 generation
→A2binder ranking
→Downstream structure
→Binding/neutralization
Mermaid diagram
flowchart TD
A[Antigen/epitope sequence] --> B[PALM-H3 decoder]
B --> C[CDR-H3 candidates]
C --> D[A2binder ranker]
D --> E[External structure modeling]
E --> F[Binding assays]Стадии pipeline
| Стадия | Архитектурный класс | Что происходит | Генерация или оценка | Generator | Промежуточный объект | Альтернативы |
|---|---|---|---|---|---|---|
| CDR-H3 generation | Antigen encoder + autoregressive decoder | Генерируется CDR-H3 | generation | palm-h3 | CDR-H3 sequences | IgLM |
| A2binder ranking | Learned affinity/specificity predictor | Кандидаты ранжируются predicted scores | evaluation | NR | Ranked grafts | NR |
| Downstream structure | External predictor | Структура моделируется отдельно | external_evaluation | NR | Modeled Fv | AlphaFold2 / ColabFold |
| Binding/neutralization | NR | Wet-lab | experiment | NR | Assayed antibodies | NR |
Hardware и runtime
NR. Code + Zenodo weights.
Evidence level
3–4 prospective on SARS-CoV-2 family; predicted affinity ≠ experimental result.
Точки отказа
- Перенос на другой antigen family.
- Интерпретация A2binder как Kd.
Критерии решения
- Есть ли antigen sequence, но нет reliable structure?
- Нужна ли 3D co-design?