Генерация CDR sequence
Генерация complementarity-determining regions на уровне sequence.
Generative taskБиологическая и инженерная цель
Diversify или de novo спроектировать CDR при фиксированном или заданном framework.
Возможные исходные данные
- framework sequence
- optional antigen sequence
- CDR length
Что именно генерируется
- CDR sequence
Классы генераторов
- sequence-generator
- target-conditioned-binder
Какие архитектурные подходы используются
| Стратегия | Что генерирует | Представление | Примеры | Ограничение | Sampling | Novel topology | Integrated scoring | Complexity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Sequence-only autoregressive model | CDR sequence | Tokens | IgLM, PALM-H3 | Не генерирует 3D geometry | Autoregressive / infilling | Нет | Likelihood или learned affinity predictor | CDR length |
| Fixed-backbone inverse folding | Sequence для заданного CDR backbone | Residue graph + coordinates | AntiFold | Backbone должен быть известен | Categorical sampling | Нет | Conditional likelihood | Fv size |
Architecture-to-workflow consequences
| Архитектурное решение | Практическое следствие |
|---|---|
| PLM conditioning | Может использовать большие sequence priors (OAS), но не гарантирует binding. |
Compute и deployment
- Sequence-only модели дешевле diffusion co-design.
Доступные инструменты
| Инструмент | Generated object | Публикация | Evidence |
|---|---|---|---|
| AntiFold | Fv/VHH sequences, per-residue probabilities, sampled masked variants | Peer-reviewed | 2 retrospective antibody evaluation |
| DiffAb | CDR sequence + backbone/geometry; interface proposal | NeurIPS 2022 main track (A*) | 1–2 in silico / retrospective |
| FlowDesign | CDR sequence and structure | Peer-reviewed | 3–4 prospective binding/neutralization validation |
| IgLM | Full heavy/light-chain sequence or infilled span/CDR | Peer-reviewed | 2 retrospective antibody evaluation |
| PALM-H3 | CDR-H3 sequence; grafted antibody candidates | Peer-reviewed | 3–4 prospective binding and functional validation |
| tFold System | CDR sequences, candidate antibody structures and antibody–antigen complexes | Peer-reviewed | 3–5 prospective binding, epitope and developability evidence |
Типовые workflows
- Antigen-conditioned CDR-H3 generation (PALM-H3)
- Antibody sequence infilling and CDR diversification
- Antibody inverse folding / masked CDR redesign
- Epitope-specific mAb CDR generation (tFold)
Evidence summary
PALM-H3 имеет prospective SARS-CoV-2 evidence; IgLM — retrospective naturalness.
Что нельзя сравнивать напрямую
- CDR sequence generator ≠ CDR backbone generator.
Как выбирать
- Нужен antigen sequence conditioning — PALM-H3.
- Нужна локальная диверсификация без antigen — IgLM.
- Есть структура — AntiFold.