Antibody inverse folding / masked CDR redesign

Практический сценарий

Есть Fv/VHH structure; нужно перебрать CDR/framework sequences, сохранив backbone.

Вход

• antibody structure
• optional antigen context
• CDR/framework masks

Pipeline diagram

flowchart TD
    A[Antibody structure + masks] --> B[AntiFold inverse folding]
    B --> C[Sampled sequences]
    C --> D[Likelihood ranking]
    D --> E[External complex prediction]
    E --> F[Binding assays]

Стадии pipeline

Hardware и runtime

Web service + local code available. GPU/runtime NR.

Evidence level

2 retrospective antibody evaluation; no prospective wet-lab in primary paper.

Точки отказа

• Predicted antibody structure как вход.
• Интерпретация likelihood как affinity.
• Нет epitope function test.

Критерии решения

• Нужна новая CDR geometry? Этот workflow не подходит.
• Нужен de novo paratope? Смотрите RFantibody.

Связанные задачи

Связанные инструменты

Архитектуры

Papers

Source-grounded notes

Generator vs evaluator in antibody IF

[PAPER]AntiFold генерирует sequence при фиксированном Fv backbone. Любой AF2/AF3/RF2, docking, MD, AbNatiV — внешние evaluators. Likelihood AntiFold не заменяет ELISA. [PAPER]