Zero-shot mutation proposal
Практический сценарий
Есть parent antibody/protein; labels почти нет; нужно предложить single substitutions.
Вход
- parent sequence or complex backbone
Pipeline diagram
Mutation scoring
→Experimental selection
Mermaid diagram
flowchart TD
A[Parent sequence or complex] --> B[Zero-shot scorer]
B --> C[Ranked substitutions]
C --> D[Small experimental set]Стадии pipeline
| Стадия | Архитектурный класс | Что происходит | Генерация или оценка | Generator | Промежуточный объект | Альтернативы |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Mutation scoring | PLM or inverse-folding likelihood | Все single substitutions ранжируются | generation | esm-1v-efficient-evolution | Ranked mutations | Structural evolution (ESM-IF1 complex) |
| Experimental selection | NR | Небольшой набор тестируется | experiment | NR | Improved variants | NR |
Hardware и runtime
Usually a single GPU/CPU scoring pass. Exact runtime NR.
Evidence level
Both highlighted workflows have prospective antibody-relevant evidence.
Точки отказа
- Epistasis ignored.
- No developability panel.
- Complex structure wrong for ESM-IF1 path.
Критерии решения
- Have complex structure? Structural evolution.
- Sequence only? ESM-1v.
- Have labels already? Switch to EVOLVEpro.