Structure-aware дизайн antibody sequence
Генерация antibody sequence с учётом Fv/VHH structure, но без обязательного de novo backbone.
Generative taskБиологическая и инженерная цель
Предложить CDR/framework variants, совместимые со структурой.
Возможные исходные данные
- antibody structure
- optional antigen
- masks
Что именно генерируется
- Fv/VHH sequences, per-residue probabilities
Классы генераторов
- inverse-folding
- sequence-generator
Какие архитектурные подходы используются
| Стратегия | Что генерирует | Представление | Примеры | Ограничение | Sampling | Novel topology | Integrated scoring | Complexity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Antibody inverse folding | Sequence for antibody backbone | Residue graph + coordinates | AntiFold | Backbone должен быть известен | Masked/autoregressive | Нет | Conditional probabilities | Fv length; optional antigen |
Architecture-to-workflow consequences
| Архитектурное решение | Практическое следствие |
|---|---|
| Antibody-specific fine-tune | Лучше CDR recovery, но dataset bias SAbDab. |
Compute и deployment
- Легче, чем full diffusion co-design.
Доступные инструменты
| Инструмент | Generated object | Публикация | Evidence |
|---|---|---|---|
| AntiFold | Fv/VHH sequences, per-residue probabilities, sampled masked variants | Peer-reviewed | 2 retrospective antibody evaluation |
| IgLM | Full heavy/light-chain sequence or infilled span/CDR | Peer-reviewed | 2 retrospective antibody evaluation |
| Structural evolution (ESM-IF1 complex) | Ranked sequence mutations preserving complex structure | Peer-reviewed | 4 prospective functional validation |
Типовые workflows
Evidence summary
AntiFold: retrospective; likelihood ≠ affinity.
Что нельзя сравнивать напрямую
- Не сравнивать с de novo RFantibody.
Как выбирать
- Есть структура — AntiFold.
- Нет структуры — IgLM sequence prior.