Главная / Workflows / De novo backbone → inverse folding

De novo backbone → inverse folding

Практический сценарий

Нужна новая topology или motif scaffold, затем sequence.

Вход

length or contig/motif
optional target/hotspots

Pipeline diagram

Backbone generation

→

Sequence design

→

Self-consistency

→

Experimental tests

Mermaid diagram

flowchart TD
    A[Motif or length or target] --> B[3D diffusion generator]
    B --> C[Backbone proposals]
    C --> D[Inverse-folding model]
    D --> E[Sequence-structure candidates]
    E --> F[Independent folding]
    F --> G[Experimental validation]

Стадии pipeline

Стадия	Архитектурный класс	Что происходит	Генерация или оценка	Generator	Промежуточный объект	Альтернативы
Backbone generation	SE(3)-equivariant diffusion	Генерируются backbone coordinates	generation	rfdiffusion	Backbones	FrameDiff, RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA)
Sequence design	Graph inverse folding	Подбирается sequence	generation	proteinmpnn	Sequence–backbone pairs	ESM-IF1
Self-consistency	Structure predictor	AF2/RF проверяет designability	evaluation	NR	Filtered designs	AlphaFold2 / ColabFold
Experimental tests	NR	Binding/function/structure	experiment	NR	Hits	NR