De novo antibody design
Создание нового antibody paratope, а не оптимизация parent mutations.
Generative taskБиологическая и инженерная цель
Получить CDR-mediated binder на выбранном framework к заданному epitope.
Возможные исходные данные
- target structure or antigen sequence
- framework
- epitope
Что именно генерируется
- CDR sequences/backbones and antibody–antigen proposals
Классы генераторов
- target-conditioned-binder
Какие архитектурные подходы используются
| Стратегия | Что генерирует | Представление | Примеры | Ограничение | Sampling | Novel topology | Integrated scoring | Complexity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffusion backbone + MPNN CDRs + complex filter | CDR geometry and sequences | Frames + tokens + complex graph | RFantibody | Низкий hit rate; нужен hotspot/holo target | Multi-stage pipeline | Только CDRs | RF2 / AF3 | Designs × filters |
| Sequence generator + antibody complex models + display | CDR sequences then complexes | Sequence + predicted complex | tFold System | Reported Kd нельзя приписать одному generator | Generator + virtual screen + phage display | CDRs on fixed human framework | tFold-Ag filters | Library size + screening |
Architecture-to-workflow consequences
| Архитектурное решение | Практическое следствие |
|---|---|
| Display/selection intertwined | Нельзя считать все reported affinities чистым эффектом модели. |
Compute и deployment
- Heavy GPU + optional wet display.
Доступные инструменты
| Инструмент | Generated object | Публикация | Evidence |
|---|---|---|---|
| AbDiffuser | Full-atom antibody sequence + structure | Preprint | 3 prospective binding + expression validation |
| RFantibody | CDR backbones, CDR sequences, antibody–target complex proposals | Peer-reviewed | 3–4 prospective binding and functional validation |
| tFold System | CDR sequences, candidate antibody structures and antibody–antigen complexes | Peer-reviewed | 3–5 prospective binding, epitope and developability evidence |
Типовые workflows
Evidence summary
RFantibody и tFold имеют prospective antibody evidence; DiffAb — нет.
Что нельзя сравнивать напрямую
- De novo antibody ≠ parent mutation optimizer.
Как выбирать
- Structure epitope + VHH/scFv — RFantibody.
- mAb campaign with display — tFold, с лицензионной оговоркой.