Epitope-specific mAb CDR generation (tFold)
Практический сценарий
Есть antigen sequence и epitope; нужен paired mAb на human framework с virtual screening.
Вход
- antigen sequence
- specified epitope
- human framework
Pipeline diagram
CDR sequence generation
→Antibody/complex modeling
→Virtual screening filters
→Phage display / SPR
Mermaid diagram
flowchart TD
A[Antigen sequence + epitope] --> B[CDR sequence generator]
B --> C[tFold-Ab/Ag complex models]
C --> D[Virtual screening]
D --> E[Display / SPR]
E --> F[Characterized antibodies]Стадии pipeline
| Стадия | Архитектурный класс | Что происходит | Генерация или оценка | Generator | Промежуточный объект | Альтернативы |
|---|---|---|---|---|---|---|
| CDR sequence generation | Sequence generator | Генерируются CDR sequences | generation | tfold | CDR libraries | PALM-H3 |
| Antibody/complex modeling | tFold-Ab / tFold-Ag | Предсказываются structures/complexes | evaluation | NR | Predicted complexes | NR |
| Virtual screening filters | Structure-aware filters | Новизна/binding/developability filters | evaluation | NR | Shortlist | NR |
| Phage display / SPR | NR | Experimental selection | experiment | NR | Characterized mAbs | NR |
Hardware и runtime
NR. Commercial partnership requested for license.
Evidence level
3–5 prospective, но generation, ranking и display intertwined.
Точки отказа
- Приписать Kd одному generator.
- Custom license.
- Framework space constrained.
Критерии решения
- Допустима ли custom license?
- Есть ли display campaign?