Задачи
Основная навигация. Downstream engineering отделён визуально и не смешивается с de novo generation.
Оптимизация существующих белков
| Задача | Определение | Класс |
|---|---|---|
| Affinity maturation | Улучшение binding существующего antibody/protein. | generative task |
| Combinatorial mutation design | Совместный дизайн нескольких мутаций. | generative task |
| Few-shot active learning | Оптимизация с малым числом experimental labels на раунд. | generative task |
| ML-guided directed evolution | Итеративный цикл модель → варианты → assay → обновление модели. | generative task |
| Multi-objective optimization | Одновременная оптимизация нескольких свойств (affinity, specificity, developability). | generative task |
| Off-target optimization | Снижение binding к конкретным off-target молекулам. | generative task |
| Оптимизация polyspecificity | Снижение широкой неспецифической липкости antibody. | generative task |
| Предложение single mutations | Ранжирование одиночных замен относительно parent. | generative task |
| Оптимизация specificity | Снижение нежелательного binding при сохранении on-target activity. | generative task |
Антитела и antibody-like форматы
| Задача | Определение | Класс |
|---|---|---|
| Structure-aware дизайн antibody sequence | Генерация antibody sequence с учётом Fv/VHH structure, но без обязательного de novo backbone. | generative task |
| Antigen-conditioned antibody design | Дизайн antibody, conditioned на antigen/epitope. | generative task |
| Генерация CDR backbone | Генерация геометрии CDR петель при фиксированном framework. | generative task |
| Генерация CDR sequence | Генерация complementarity-determining regions на уровне sequence. | generative task |
| De novo antibody design | Создание нового antibody paratope, а не оптимизация parent mutations. | generative task |
| De novo VHH / nanobody design | Генерация single-domain VHH/nanobody binders. | generative task |
| Framework redesign | Изменение framework вокруг сохранённых CDRs. | generative task |
| Humanization | Перенос CDRs нечеловеческого antibody/VHH на human-like framework. | generative task |
| Joint CDR sequence–structure design | Co-design CDR sequence и геометрии. | generative task |
Downstream engineering (не генерация)
| Задача | Определение | Класс |
|---|---|---|
| CHO expression engineering | Инженерия экспрессии в CHO. | downstream |
| Codon optimization | Перекодирование DNA под host без изменения amino-acid sequence. | downstream |
| Developability assessment | Оценка solubility, aggregation, viscosity, nonspecific binding и связанных рисков. | downstream |
| Expression prediction | Предсказание уровня экспрессии. | downstream |
| Manufacturability assessment | Оценка пригодности к производству (titers, stability, formulation). | downstream |
| Secretion engineering | Оптимизация секреции (signal peptides, host pathways). | downstream |
Общий белковый дизайн
| Задача | Определение | Класс |
|---|---|---|
| De novo генерация backbone | Генерация новой белковой геометрии (обычно Cα/frames), без готовой topology. | generative task |
| De novo non-antibody binder design | Дизайн небольших белковых binder'ов, не являющихся antibodies. | generative task |
| Генерация полной 3D structure | Генерация не только backbone, но и более полного атомарного/all-atom представления. | generative task |
| Дизайн функционального сайта | Генерация или redesign сайта (active site, ligand pocket, functional motif). | generative task |
| Генерация белковых sequences | Генерация amino-acid sequences без обязательного 3D backbone на входе. | generative task |
| Fixed-backbone inverse folding | Подбор sequence, совместимой с заданным backbone. | generative task |
| Joint sequence–structure generation | Одновременная или tightly coupled генерация sequence и structure. | generative task |
| Motif scaffolding | Встраивание заданного функционального motif в новую supporting structure. | generative task |
| Target-conditioned binder generation | Генерация binder'а к заданному target surface / epitope. | generative task |