Zero-shot mutation scoring

Zero-shot оценка мутаций. Established English term: Zero-shot mutation scoring.

1. Область определения

[INTERPRETATION]Роль — scorer pretrained density $p_\theta(s\mid c)$ на мутационном перечислении. Workflow каталога превращает ranking в mutation proposal, но train target класса нет: θ заморожен. Это не sequential design loop с обновлением $f_\phi$ по $y$ и не geometric inductive bias как определение класса.

[PAPER]Scored state — discrete substitutions относительно parent: обычно 19 альтернатив × позиции VH/VL (или белка). Generated object каталога — ranked list, не новая складка. Conditioner $c$: последовательность (Meier/Hie) или backbone/complex coords (Shanker). Intermediate embedding ≠ энергия. Hie Methods all single-residue substitutions VH/VL; Shanker ~4300 singles

[MATRIX]Задачи: single-mutation proposal, affinity maturation как zero-shot-then-assay. Workflow: zero-shot mutation. Seed исключает few-shot active learning: там нужны labels. architectures/zero-shot-mutation-scoring.yaml applicable / not_for

[PAPER]Это не few-shot mutation optimization / active learning: EVOLVEpro учит $f_\phi$ на assay. Hie/Shanker не обновляют веса по BLI между раундами — round 2 комбинирует уже измеренные singles. Hie two laboratory rounds; Jiang EVOLVEpro — соседний класс

[INTERPRETATION]Это не protein language models целиком: PLM — семейство ролей (AR, MLM, frozen $E$, Δℓ). Здесь только роль scorer. ESM-1v efficient evolution несёт оба id.

[MATRIX]Это не inverse folding как generator $p(s\mid x)$ для redesign маски. Shanker использует IF likelihood для ranking при заданном complex — пересечение id у structural evolution, но канон этой страницы — zero-shot scoring, не sampling FASTA. AntiFold — IF generator, нет этого architecture_id.

[INTERPRETATION]Это не masked-token infilling: infill семплирует span. Δℓ не порождает de novo CDR library. Не sequence diffusion.

[MATRIX]Catalog tools: ESM-1v efficient evolution, structural evolution. Путают с EVOLVEpro (few-shot), AntiFold (IF sample), ProteinMPNN, AbLang/Sapiens (Hie baseline, не catalog tools).

2. Интуитивный принцип

[INTERPRETATION]Pretrained модель кодирует, какие аминокислоты «естественны» в контексте $c$. Inference не семплирует шумовую траекторию: перечисляются mutants, считается scalar score, сортировка. Меняется ranked list, не координаты.

[PAPER]Гипотеза Hie (Fig. 1b): среди evolutionarily plausible substitutions доля high-fitness выше, чем в полном 19×N. Модель не знает антиген. [PAPER] Hie Fig. 1a,b; Introduction no antigen/structure

[PAPER]Рычаг Meier: masked-marginal — маскировать все мутированные позиции, log-odds vs WT; additive по $T$. На validation masked marginal лучше WT/mutant/pseudolikelihood (Table 5). [PAPER] Meier §3 Eq. (1); Table 5

[PAPER]Рычаг Hie (другой!): wild-type-marginal $p(x'_i\mid \mathbf{x})$ без маски сайта, consensus $M=6$ (ESM-1b + пять ESM-1v), порог $\alpha=1$, затем $k$ так, что $|\mathcal{A}|\sim 10$. Authors: WT-marginal строже masked-marginal (Extended Data Fig. 1). Не подставлять Meier Eq. 1 как default ESM-1v efficient evolution. Hie Methods acquiring substitutions; Ext. Data Fig. 1

[PAPER]Рычаг Shanker: conditioner — полный Ab–Ag backbone; score — AR joint $p(x\mid Y)$. Antigen coords улучшают Spearman к DMS $K_D$ (CR9114-H1: 0.17 Ab-only → 0.65 complex). Не ESM-1v sequence-only. [PAPER preprint] Shanker Fig. 2a; Results 0.17 vs 0.65

[PAPER]Предостережение. Δℓ, IF log-likelihood, Spearman к DMS, enrichment «high fitness» percentile, ESM ppl не равны experimental $K_d$ / ELISA / BLI / IC50. Hie и Shanker измеряют BLI и pseudovirus после ranking — это assay, не выход сети. «Implicitly learns binding» (Shanker) — интерпретация корреляции, не energy head ΔG. Shanker Methods: model has no access to fitness; Hie BLI Methods

[PAPER]Не сравнивать 160-fold mAb114 UCA (Hie, Fab $K_d$ ebolavirus GP) с 26-fold Ly-1404 IC50 BQ.1.1 (Shanker preprint) как один benchmark: parent, oracle и antigen разные. Hie Supplementary Table 6; Shanker Fig. 3d

[PAPER]Round-2 combinations — экспериментальный эпистаз, не train-time contrastive. Hie для части Abs вручную выбирает комбинации; Shanker переранжирует $2^{n}-1$ IF likelihood. Hie Methods round 2; Shanker Acquisition Round 2

3. Формальная математическая постановка

[INTERPRETATION]Сначала родовой ranking без новых labels. Затем подтипы: (A) Meier masked-marginal; (B) Hie WT-marginal consensus — tool ESM-1v efficient evolution; (C) Shanker IF $p(x\mid Y)$ — tool structural evolution. Не одна формула на все tools.

[INTERPRETATION]Формулы, которые не принадлежат классу как train target: UCB/EI; EVOLVEpro RF; AR NLL ProGen как generator; FAPE; diffusion score; MLM как infill loss. IF sampling temperature AntiFold — generator соседнего класса. Meier few-shot MSA Transformer (семейные seq на входе) — не protocol Hie.

[INTERPRETATION]Seed one-liner $\Delta\ell=\log p(s^{\mathrm{mut}}\mid c)-\log p(s^{\mathrm{wt}}\mid c)$ — generic sketch; не уравнение default Hie (там отношение маргиналов при полном $\mathbf{x}$) и не AR product Shanker.

[PAPER]Negative / non-binder labels в score: нет. Ranking не требует $y$; $y$ появляется только в wet-lab оценке кампании. Meier zero-shot no supervision; Hie no binding data to model

Подтип A — masked-marginal Δℓ (Meier ESM-1v; foundational, не карточка tools)

[PAPER]Вход маскируется на всех $t\in T$. Additive для multiple mutations. Не WT-marginal Hie. Не catalog-tool equation. Meier §3; input masked at every mutated position

Подтип B — wild-type-marginal consensus (Hie; tool-specific)

[PAPER]$p_j(x'_i\mid\mathbf{x})$ при полном (немаскированном) $\mathbf{x}$. $\alpha=1$. $M=6$: ESM-1b + ESM-1v×5. $k$ под $|\mathcal{A}_{\mathrm{VH}}\cup\mathcal{A}_{\mathrm{VL}}|\approx 10$; extra filter: substitution highest at site for ≥1 model. Tool-specific ESM-1v efficient evolution. CODE NR. Hie Methods; k listed per antibody

Подтип C — inverse-folding joint likelihood на комплексе (Shanker; tool-specific)

[PAPER]$Y\in\mathbb{R}^{N\times 3\times 3}$ (HTML: три атома на residue; канон Hsu N/Cα/C vs «β-carbon» HTML — unresolved typesetting). $p(x\mid Y)=\prod_i p(x_i\mid x_{structural evolution. Не masked MLM. Shanker Methods IF description and acquisition

4. Представление данных

[PAPER]Hie/Meier: токены AA, раздельно VH и VL. Нет pair/distogram, нет time embedding, нет contig. Маска Meier — только scoring positions $T$; Hie scoring без маски сайта. Hie VH/VL separately; Meier mask T

[PAPER]Shanker: sequence tokens + geometric encoder features из $Y$. Комплекс: Ab variable + antigen RBD (PDB 7MMO Ly-1404; 7Y0W SA58). Внешний файл — PDB, не library CSV. Shanker Fig. 3e PDBs; Methods structures Supplementary Table 1

[PAPER]Размерности: ESM-1v 650M (Meier); пять seeds. ESM-1b architecture pointer Rives. Hidden width ESM-1v — NR this pass. $Y$: $N\times 3\times 3$. ESM-1v max length 1024 (Shanker excluded Cas9). Meier 650M; Shanker N×3×3; Cas9 >1024

[INTERPRETATION]Аугментации геометрии: нет rotation-aug в scoring Hie (sequence-only). Shanker: структура фиксирована; не описывают random SE(3) jitter как train (IF уже pretrained).

[PAPER]Kabat regions: Hie/Shanker аннотируют FR/CDR через abYsis post-hoc, не как входной tensor. Hie Methods abYsis 3.4.1 Kabat

[PAPER]Ensemble: Hie шесть forward passes на mutant. Meier DMS — среднее пяти masked-marginal. Не выдумывать batch size кода. Hie six LMs; Meier five-model ensemble

[PAPER]Conditioner antigen sequence: нет у Hie. У Shanker antigen входит как coords (+ sequence of other chains в complex scoring). Hie no antigen; Shanker Ab-Ag vs Ab-only

[PAPER]Library CSV: нет. Перечисление полное 20-алфавит (Shanker ~4300). Hie затем фильтр consensus, не полный experimental 19×N. Shanker all ~4300; Hie filtered A

NRPDB numbering: вход IF — coords; numbering для region labels — внешний abYsis/Kabat, не learned. явного tensor numbering в Methods нет

5. Физическое представление

[PAPER]Математический score ↔ правдоподобие токенов при $c$, не ↔ атомы mutational Δ. Assay label $K_d$/IC50 появляется после wet-lab, не в $p_\theta$. Shanker no access to fitness during train/eval of IF

[PAPER]SE(3): Hie/Meier — не применимо (sequence). Shanker/IF — invariant geometric encoder (Hsu GVP); глобальный поворот комплекса не должен менять $p(x\mid Y)$ если модель инвариантна. Перестановка residues ломает chain order. Concat цепей — часть complex input Shanker. Hsu GVP-Transformer via Shanker; Hie sequence-only

[PAPER]Side chains: в Hie state отсутствуют. Shanker HTML: нет side-chain atoms в $Y$ («cannot learn explicit H-bonds/disulfides»). Packing не часть scorer. Shanker Results: no side chain atomic coordinates

[INTERPRETATION]Masked token / WT context ≠ траектория фолдинга и ≠ ΔG. Round-1 single ≠ MD.

[PAPER]Complex $Y$ должен быть credible. Неверный штамм/эпитоп — distribution shift (Shanker всё же скорит CR9114 vs H1/H3 при H5 structure: Spearman 0.65/0.50 — корреляция DMS, не гарантия дизайна). Shanker cross-reactive H5 structure vs H1/H3 data

[PAPER]Hie: 36/76 recommended singles в framework — физически далеки от интерфейса; авторы не утверждают, что модель «видит» epitope. Hie Results 36/76 FR

[INTERPRETATION]Chirality/ω: не в state sequence scorer.

[PAPER]Intermediate ensemble vote $f$ — дискретная агрегация моделей, не физическая энергия. Hie f indicator sum

6. Физико-химический смысл

[PAPER]Нет energy head. «Evolutionary plausibility» и «fold into backbone» — статистические priors, не ΔG. Hie evolutionary plausibility; Shanker fold into backbone

7. Что обучается

[PAPER]На шаге scoring ничего не учится. θ = pretrained ESM-1v/1b или ESM-IF1. Frozen. Meier no gradient at inference; Shanker zero-shot

[PAPER]Pretrain Meier: MLM на UniRef90 2020-03 ~98M; 650M; 5 seeds; ppl 7.29 holdout. Optional family-spiked fine-tune — не protocol Hie antibody campaign. Meier ESM-1v paragraph; spiked fine-tune §

[PAPER]ESM-1b: UniRef50 2018-03 ~27M (Hie). Не путать с ESM-2 15B EVOLVEpro embeddings. Hie Methods ESM-1b UniRef50

[PAPER]ESM-IF1: sequence recovery на 12M AF2 structures + CATH (Hsu pointer); Shanker ckpt 2022-04-10. Train на single-chain; inference на multimeric complex — zero-shot transfer, не fine-tune на Ab–Ag. Shanker trained on single-chain; checkpoint date

[PAPER]Loss класса scoring: нет. Negative/non-binder/contrastive/affinity в Δℓ: нет. Meier unsupervised; Hie no task-specific supervision

[PAPER]Hie round 2 не fine-tune LM. Shanker round 2 пересчитывает IF likelihood комбинаций — всё ещё frozen θ. Hie/Shanker Methods round 2

[MATRIX]AntiFold fine-tune SAbDab+OAS — другой tool и architecture_id; не приписывать к structural-evolution.

[PAPER]Baselines Hie (abYsis, UniRef90 MSA frequencies, AbLang, Sapiens) — отдельные scorers, не θ кампании. Hie comparison sequence-based methods

[INTERPRETATION]Не обучается AF/docking/Rosetta. Не FAPE.

8. Прямой проход и information flow

[PAPER]Порядок Hie: WT seq → все singles VH, все singles VL → 6 LM likelihood ratios → $\mathcal{A}$ → экспрессия → BLI. Sequence только; geometry нет. Hie Methods

[PAPER]Порядок Meier DMS: mask T → Eq. 1 → Spearman vs assay table. Нет proposal workflow обязательно. Meier Fig. 1 task

[PAPER]Порядок Shanker campaign: PDB complex → score ~4300 → top 10 unique/chain → pseudovirus IC50 → combine beneficial → IF rescore combos → assay. Geometry с шага 1; sequence mutant подставляется в AR score. Shanker Acquisition Methods

[PAPER]Не прятать ProteinMPNN/AF внутрь ESM-1v. Shanker не предсказывает структуру — $Y$ дан. Shanker uses supplied backbone

[PAPER]Tm, polyspecificity, NetMHCpan — evaluators Hie post-hoc, не scorer. Hie Additional characterization

[PAPER]DMS Livesey–Marsh / Markin — in silico oracle для enrichment (Hie Fig. 4; Shanker Fig. 1d), не wet-lab antibody $K_d$. Hie Fig. 4; Shanker 10 proteins DMS

[PAPER]Experiment box: BLI, Fab $K_d$, IgG apparent $K_d$, IC50. Только они устанавливают affinity/function. Hie/Shanker assay Methods

[INTERPRETATION]Нет recycle AF, нет beam, нет docking в forward pass.

flowchart TD
  PAR["Parent sequence and/or complex PDB"] --> ENUM["Enumerate singles 19 x positions"]
  ENUM --> HIE["SCORER Hie: WT-marginal 6 LMs consensus"]
  ENUM --> MEI["SCORER Meier: masked-marginal ensemble"]
  ENUM --> IF["SCORER Shanker: ESM-IF1 p(x|Y) on complex"]
  HIE --> RANK["Ranked substitutions — not Kd"]
  MEI --> RANK
  IF --> RANK
  RANK --> PICK["Top-k / unique residues"]
  PICK --> EXP["EXPERIMENT: BLI / pseudovirus / DMS oracle"]
  EXP --> R2["Optional round-2 combinations"]
  R2 --> IF
  R2 --> EXP
  subgraph scorerblk ["Scorer frozen θ"]
    HIE
    MEI
    IF
  end
  subgraph expblk ["Experiment / evaluator"]
    EXP
  end

9. Training procedure

[PAPER]Scoring pass не имеет split по антителам кампании. Pretrain Meier: UniRef90 2020-03; holdout ppl 7.29. Hie: те же веса, датасеты до открытия SARS-CoV-2 Abs кампании (авторы: нет disease-specific leakage в UniRef на эти Abs). Hie datasets precede SARS-CoV-2 antibodies; Meier ppl 7.29

[PAPER]ESM-IF1 train: Hsu (pointer) AF2-predicted + experimental; Shanker не retrains. Leakage: scoring Ab–Ag PDB, на которых IF не учился как complexes — claimed generalization, не измеренный train-overlap PDB IDs (NR). Shanker single-chain training; PDB IDs 7MMO/7Y0W as input

[PAPER]Batching scoring: NR в Hie besides <1 s/antibody. Meier: batch inference V100 jobs <1 h vs pretrain 6 days × 64 V100 — это pretrain cost, не scoring campaign. Hie runtime; Meier training 64 V100

NRTeacher forcing: IF AR при оценке полной последовательности (teacher-forced WT prefix + mutant token) — деталь decode Hsu; Shanker HTML «autoregressive as chain rule». Exact teacher-forcing vs full-seq logp API — CODE NR.

[PAPER]Симуляция: Hie Fig. 4 / Shanker Fig. 1d — DMS already collected (Livesey–Marsh). Prospective: Hie seven Abs BLI; Shanker Ly-1404/SA58. Не смешивать Spearman DMS с fold-change IC50. Hie Fig. 4 vs Fig. 2; Shanker Fig. 1d vs Fig. 3

[PAPER]Hie antibody split: нет ML split; семь выбранных клинических/UCA серий (Supplementary Table 1). Не 80/10/10. Hie seven antibodies list

NRFilters resolution PDB: Shanker uses deposited complexes; Å cutoff NR.

[INTERPRETATION]Self-conditioning: нет.

[INTERPRETATION]Не выводить hyperparams из GitHub README.

10. Inference and generation

[PAPER]Старт Hie: одна WT VH и одна WT VL. Старт Shanker: WT seq + PDB complex. Старт Meier: WT seq (+ optional MSA for MSA Transformer few-shot — не Hie). Hie single starting sequence; Shanker structure+seq

[PAPER]Алгоритм: полный enumeration singles (алфавит 20, исключая WT). Hie: consensus + k. Shanker: sort IF likelihood, top 10 unique positions/chain (20 singles round 1). Temperature/top-k softmax не используются в ranking (это не decoder sampling). Hie |A|~10; Shanker top ten unique residues each chain

[PAPER]Hie k: MEDI8852 2/2; UCA 2/2; mAb114 4/4; mAb114 UCA 2/2; S309 VH 2 VL 1; REGN10987 2/2; C143 2/2. [PAPER] Hie Methods k values

[PAPER]Post-hoc: expression, BLI, Tm, PSP polyspecificity, NetMHC, neutralization — experiment/evaluator. Не generator. Hie Methods assays

[INTERPRETATION]Чего нет: beam, AF recycle, epitope clamp, classifier-free guidance, UCB.

[PAPER]Round 2 Hie: recombine affinity-enhancing (or affinity-preserving for S309/REGN10987); не все Abs — exhaustive combinations (MEDI8852 да; другие — manual). [PAPER] Hie Methods second round

[PAPER]Round 2 Shanker: up to four 2-mutation chain combos; IF ranks all $2^{n}-1$ (Ly-1404 VH 8 beneficial → 255); top five; plus up to two dual-chain. Totals 31 and 25 variants. [PAPER preprint] Shanker Acquisition; 31 Ly-1404, 25 SA58

[PAPER]Hie compute: <1 s per antibody GPU; 742 Thera-SAbDab ~3 min; EPYC 7502P + A40 48GB. [PAPER] Shanker wall-clock scoring — NR. Hie Computational efficiency

11. Conditioning

[PAPER]Hie: только parent sequence. Нет antigen, structure, ELISA labels, CATH, hotspot map. Hie: without antigen, binding, homologs, structure

[PAPER]Shanker: $Y$ variable regions both chains + RBD; settings ablation Ab-only / VH-only / Ab–Ag. Лучший retrospective — полный комплекс. Shanker Fig. 2 three settings

NRНет classifier-free guidance. Нет contig RFdiffusion.

[INTERPRETATION]Не приписывать epitope tensor / measured_var. Library $\mathcal{X}$ = enumerated mutants, не experimental combinatorial library CSV.

[PAPER]Meier few-shot: extra MSA sequences into MSA Transformer — другой режим, не catalog Hie. Meier §3.1 few-shot MSA Transformer

[PAPER]Hie scoring VH и VL независимо (два conditioner sequence). Не paired transformer. Hie Methods separately

[PAPER]Shanker combinatorials: conditioner тот же $Y$; меняется только $x$. Shanker joint likelihood all positions

[PAPER]Masking CDR-only: не default Hie/Shanker (unbiased all variable domain). AntiFold region mask — другой tool. Hie ~half FR; Shanker all regions

12. Вычислительная сложность

[INTERPRETATION]Драйверы: $N$ residues × 19 substitutions × $M$ ensemble forwards (Hie $M=6$) или один IF AR pass на mutant (Shanker). Attention $O(N^2)$ внутри LM/IF.

[PAPER]Hie: линейно по числу Abs; 742 in ~3 min на A40. [PAPER] Не «дешевле diffusion» без NFE-сравнения в paper — не писать. Hie 742 Thera-SAbDab ~3 min

[PAPER]Assay latency доминирует: 8–14 variants round 1, 1–11 round 2 (Hie); 20 singles then combos (Shanker). #rounds = 2 laboratory, не ML epochs. Hie 8–14 and 1–11; Shanker 20 singles

[PAPER]GPU scoring cheap vs expression. Meier pretrain 64×V100×6 days — не cost пользователя scoring. Meier 6 days 64 V100

[PAPER]Combinatorial round 2: $2^{n}$ IF scores (255 при n=8) — всё ещё tiny vs 20^N. Shanker 255 candidate sequences

NRShanker GPU hours — NR.

13. Преимущества

[PAPER]Из постановки: не нужны $y$ и (у Hie) не нужна структура — низкий порог входа. Hie end user single WT sequence

[PAPER]Hie: семь Abs, ≤20 variants, два раунда; 71–100% round-1 Fab sub-μM; 14–71% ≥1.1-fold $K_d$; all but REGN10987 ≥2-fold. Clinically relevant: MEDI8852 H7 HK17 Fab 0.21→0.03 nM (7-fold); mAb114 GP 3.4-fold; C143 neutralization 32-fold Beta (VL G53V), 19-fold D614G (VL T33N-G53V); mAb114 UCA 160-fold Fab $K_d$. [PAPER] Не обобщать на все Abs. Hie Results; Fig. 3b; Supp. Tables

[PAPER]Hie 122 variants, 121 expressed. Tm>70 °C tested affinity-enhancing; 21/31 higher Tm than WT. Polyspecificity без существенного сдвига (Fig. 3a). [PAPER] Hie expression; Tm; PSP

[PAPER]Shanker preprint: 35%/30% singles improve IC50 (≥1.1) vs encoded strain; all 15 multi-mut round 2 better than WT; Ly-1404 7-mut VH 26-fold IC50 BQ.1.1 (31 variants); SA58 11-fold (25 variants); $K_{D,\mathrm{app}}$ XBB.1.5 up to 37-fold. Science abstract «25-fold» — не page-sync. [PAPER preprint] Shanker Fig. 3; Fig. 4c

[PAPER]Retrospective: IF Spearman CR9114-H1 0.65 vs ESM-1v 0.08 при Ab–Ag input — DMS $K_D$ library, не Hie campaign. [PAPER preprint] Shanker Fig. 2a

[INTERPRETATION]Явно: fold-change на одном parent/antigen не гарантия стабильности, экспрессии, affinity к другому epitope. Likelihood ≠ $K_d$.

[PAPER]Hie vs AbLang/Sapiens/abYsis на трёх UCA avidity: general PLM лучше (Supp. Table 12). Не сравнивать с EVOLVEpro hit rate. Hie Supplementary Table 12

[PAPER]Framework mutations: механизм «не только CDR» следует из unbiased enumeration, не из docking. Hie 36/76 FR; Shanker F24Y V90S FR

14. Ограничения

[PAPER]Математика: additive Δℓ / single-site round 1 не моделирует эпистаз; WT- vs masked-marginal — разные калибровки; IF AR teacher-forcing details NR. Meier additive; Hie Ext. Data Fig. 1

[PAPER]Представление: Hie слеп к геометрии интерфейса; Shanker слеп к side-chain chemistry; оба не multi-objective optimizer. catalog limitations; Shanker no side chains

[PAPER]Физика: нет ΔG head; Tm не объясняет все affinity gains (MEDI8852 Tm down). [PAPER] Hie Tm vs affinity paragraph

[PAPER]Данные: UniRef мало Abs; SARS-CoV-2 Abs после cutoff train — claimed, не audit leakage. C143/REGN в UniRef как sequences — NR beyond authors' statement. Hie few thousand antibody-related UniRef

[PAPER]Обобщение: REGN10987 слабее (1.3-fold screening antigen). Highly matured Abs — меньший fold-change. Unnatural selection pressures — Discussion Hie. Hie REGN10987; Discussion fitness peak

[INTERPRETATION]Deployment: CODE unaudited; Science vs preprint numbers; не catalog antibody de novo. Shanker требует PDB.

15. Failure modes

[INTERPRETATION]Конкретные ошибки.

• Подставить Meier masked Eq. 1 как код ESM-1v efficient evolution (Hie = WT-marginal + consensus).
• Считать Δℓ / IF LL равным $K_d$ или ELISA без assay.
• Смешать с EVOLVEpro: нет labels → zero-shot; есть ~10+ y → few-shot.
• Shanker без credible complex (wrong epitope/strain) — Hie sequence-only безопаснее, IF нет.
• Ожидать de novo CDR topology / hotspot binder — не тот generated object.
• AntiFold temperature sampling как этот architecture_id.
• Сравнивать 160-fold UCA $K_d$ и 26-fold VOC IC50 как один leaderboard.
• Игнорировать epistasis: остановиться после round-1 singles, когда paper's gains often in combinations.
• MSA-Transformer few-shot Meier как Hie protocol.
• AbLang/Sapiens вместо general PLM, когда Hie benchmark показал хуже на UCA.
• Скоринг subsequence: Meier methionine calibration / start-M bias.
• Длина >1024 (Shanker Cas9 excluded) для ESM-1v comparison.
• Round-2 combinatorial explosion без IF rescoring (Shanker) или без assay filter (Hie).
• Journal 25-fold vs preprint 26-fold silently merged.

16. Реализации в инструментах

[MATRIX]Reverse index: ровно два catalog tools. Остальное — литература / путаница. Неравные oracles не в одной колонке успеха.

17. Где применимо и где не применимо

[MATRIX]Применимо: single-mutation proposal, affinity maturation при малом бюджете; workflow zero-shot mutation. Sequence-only → ESM-1v efficient evolution; есть complex → structural evolution.

[MATRIX]Запрет: few-shot active learning как замена, если labels уже есть — EVOLVEpro. De novo antibody CDR 3D — frame diffusion/RFantibody или joint diffusion. Humanization FR redesign как diffusion — HuDiff. Inverse folding redesign маски — AntiFold.

[INTERPRETATION]Запрет: multi-objective Pareto на library (Makowski) этим scorer'ом. Combinatorial 19^k без round-2 strategy.

[PAPER]Нельзя решать codon/CHO/secretion. Нельзя выдавать NetMHC count за immunogenicity trial. Hie HLA computational proxy

18. Методологические источники

[PAPER]Foundational scoring: Meier bioRxiv (прочитан HTML §3). Catalog: Hie Nat. Biotechnol. journal HTML (прочитан Methods+Results); Shanker bioRxiv HTML (прочитан Methods+campaign). Hsu ESM-IF1 — pointer. Science adk8946 body — inaccessible this pass.

[MATRIX]Catalog paper pages: paper-esm-1v-efficient-evolution, paper-structural-evolution. CODE repos — pointer-only.

[INTERPRETATION]Не библиография всего variant-effect: DeepSequence, EVMutation — Meier baselines. Livesey–Marsh — DMS meta, не architecture. AntiFold analysis — соседняя IF-страница.

Инструменты, использующие подход

Где применимо

Где не стоит использовать

Papers каталога

Подтипы класса

• Masked PLM ΔLL
• Inverse-folding ΔLL