Генерация полной 3D structure
Генерация не только backbone, но и более полного атомарного/all-atom представления.
Generative taskБиологическая и инженерная цель
Получить геометрию, пригодную для packing, ligand context или full-atom scoring.
Возможные исходные данные
- conditioners
- atomic context
- length
Что именно генерируется
- all-atom or full-atom structure
Классы генераторов
- backbone-structure-generator
- joint-sequence-structure
Какие архитектурные подходы используются
| Стратегия | Что генерирует | Представление | Примеры | Ограничение | Sampling | Novel topology | Integrated scoring | Complexity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| All-atom diffusion | Atomic coordinates around context | Atom/residue graph | RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA), Chroma, AbDiffuser | Дороже residue-level generation | Diffusion | Да | Model confidence / physics priors | Atoms × steps |
Architecture-to-workflow consequences
| Архитектурное решение | Практическое следствие |
|---|---|
| Full-atom representation | Лучше моделирует локальные interactions, но растёт cost. |
Compute и deployment
- Высокая потребность в GPU/VRAM.
Доступные инструменты
| Инструмент | Generated object | Публикация | Evidence |
|---|---|---|---|
| Chroma | Backbone/all-atom structure and sequence | Peer-reviewed | 3–5 early prospective biophysical/structural validation |
Типовые workflows
Evidence summary
All-atom generation не равна experimentally validated function.
Что нельзя сравнивать напрямую
- Не смешивать с sequence-only generators.
Как выбирать
- Ligand/metal context — RFdiffusionAA.
- Programmable complexes — Chroma.