De novo non-antibody binder design
Дизайн небольших белковых binder'ов, не являющихся antibodies.
Generative taskБиологическая и инженерная цель
Получить miniprotein/peptide binder к target surface.
Возможные исходные данные
- target structure
- hotspots
Что именно генерируется
- binder sequence and designed complex
Классы генераторов
- target-conditioned-binder
Какие архитектурные подходы используются
| Стратегия | Что генерирует | Представление | Примеры | Ограничение | Sampling | Novel topology | Integrated scoring | Complexity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AF2 hallucination workflow | Binder sequence/complex | Differentiable structure model | BindCraft | Не переносится на antibody loop geometry автоматически | Optimization + MPNN | Да | AF2 + Rosetta filters | Target size, filter cascade |
Architecture-to-workflow consequences
| Архитектурное решение | Практическое следствие |
|---|---|
| Miniprotein fold space | Hit rates могут быть выше, чем у de novo antibodies, но формат другой. |
Compute и deployment
- PyRosetta license может блокировать commercial use.
Доступные инструменты
| Инструмент | Generated object | Публикация | Evidence |
|---|---|---|---|
| AlphaProteo | Binder sequences/structures | Preprint Technical report | 3–4 prospective binding/functional validation |
| BindCraft | Binder sequence and designed target–binder complex | Peer-reviewed | 3–4 prospective binding and functional validation |
Типовые workflows
Evidence summary
BindCraft: prospective nanomolar binders. AlphaProteo: closed technical report.
Что нельзя сравнивать напрямую
- Не сравнивать с RFantibody как с тем же классом объектов.
Как выбирать
- Открытый pipeline — BindCraft.
- Closed frontier — AlphaProteo.