Генерация CDR backbone
Генерация геометрии CDR петель при фиксированном framework.
Generative taskБиологическая и инженерная цель
Предложить CDR loop conformations, совместимые с epitope.
Возможные исходные данные
- framework structure
- target/epitope
- CDR lengths
Что именно генерируется
- CDR backbone coordinates
Классы генераторов
- backbone-structure-generator
Какие архитектурные подходы используются
| Стратегия | Что генерирует | Представление | Примеры | Ограничение | Sampling | Novel topology | Integrated scoring | Complexity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Antibody-fine-tuned SE(3) diffusion | CDR backbone | Equivariant frames | RFantibody | Framework фиксирован; sampling дорогой | Diffusion trajectories | Только в пределах CDR loops | RF2 self-consistency | Trajectories × CDR length × RF2 |
Architecture-to-workflow consequences
| Архитектурное решение | Практическое следствие |
|---|---|
| Fixed framework | Нельзя сделать global redesign всего Fv. |
Compute и deployment
- Существенно дороже sequence-only CDR design.
Доступные инструменты
| Инструмент | Generated object | Публикация | Evidence |
|---|---|---|---|
| RFantibody | CDR backbones, CDR sequences, antibody–target complex proposals | Peer-reviewed | 3–4 prospective binding and functional validation |
Типовые workflows
Evidence summary
RFantibody: prospective VHH/scFv binders; hit rates ниже miniprotein pipelines.
Что нельзя сравнивать напрямую
- Не сравнивать runtime с AntiFold.
Как выбирать
- Epitope-conditioned de novo loops — RFantibody.