Antigen-Specific Antibody Design and Optimization with Diffusion-Based Generative Models for Protein Structures
NeurIPS 2022 main track (A*)| Поле | Значение |
|---|---|
| Authors | NR |
| Year | 2022 |
| Venue / status | NeurIPS 2022 main track (A*) |
| DOI | NR |
| URL | https://proceedings.neurips.cc/paper_files/paper/2022/file/3fa7d76a0dc1179f1e98d1bc62403756-Paper-Conference.pdf |
| Preprint URL | NR |
| Tools | DiffAb |
Задача и claimed novelty
| Поле | Значение |
|---|---|
| Main biological task | Antigen-conditioned CDR sequence–structure co-design and antibody optimization |
| Claimed novelty | NR |
Архитектура
| Поле | Значение |
|---|---|
| Model architecture | Diffusion over residue type, Cα position and orientation with equivariant network |
| Input representation | NR |
| Encoder / decoder | NR |
| Generative state | CDR sequence + backbone/geometry; interface proposal |
| Conditioning | CDR masks, fixed framework, antigen structure |
| Sampling | NR |
Training
| Поле | Значение |
|---|---|
| Objectives / losses | NR |
| Dataset | NR |
| Preprocessing | NR |
Inference
NR
Baselines и retrospective benchmarks
| Поле | Значение |
|---|---|
| Baselines | NR |
| Retrospective | Retrospective structural and energy benchmarks only |
Prospective experimental validation
| Поле | Значение |
|---|---|
| Prospective | NR |
| Tested designs | No prospective wet-lab validation in primary paper |
| Success criterion | Retrospective structural and energy benchmarks only |
| Main results | Retrospective structural and energy benchmarks only |
Limitations
Requires complex structural context; no prospective evidence; archived repository; energy scores are not affinity.
Что статья показывает
- Retrospective structural and energy benchmarks only
Чего статья не показывает
- Predicted confidence, likelihood, pLDDT, docking or developability scores are not experimental affinity.
Размеченные утверждения
| Утверждение | Тип | Локатор |
|---|---|---|
| Antigen-Specific Antibody Design and Optimization with Diffusion-Based Generative Models for Protein Structures | Author-reported | DOI/URL from landscape matrix |
| Publication status: NeurIPS 2022 main track (A*) | Author-reported | landscape matrix, publication status column |
Source-grounded разбор статьи
Недоступные или неполные источники
| Источник | Почему недоступен | Что использовано вместо |
|---|---|---|
| NeurIPS 2022 PDF Results/Methods fully | Не постраничное чтение | luost26/diffab implementation |
Вопрос статьи (по title/README): antigen-specific antibody CDR design/optimization диффузионной генеративной моделью структуры. Не доказанный therapeutic generator.
Библиография
[DOC]Luo S., Su Y., Peng X., Wang S., Peng J., Ma J. Antigen-Specific Antibody Design and Optimization with Diffusion-Based Generative Models for Protein Structures. NeurIPS 2022. PDF: proceedings.neurips.cc … 3fa7d76a…. OpenReview id=jSorGn2Tjg. Preprint bioRxiv 10.1101/2022.07.10.499510. Tool DiffAb.
Исследовательский вопрос
[DOC]Совместно сэмплировать CDR sequence и geometry в контексте antigen–antibody complex.
Архитектура (из code, не из PDF)
[CODE]FullDPM: type + Cα + orientation; GAEncoder; T=100; losses rot/pos/seq. См. joint diffusion.
Training / split
NRSAbDab configs. Точные N и split criteria paper — NR.
Inference
[CODE]100 reverse steps; 100 samples in test yaml; optional HDOCK/PyRosetta.
Baselines / ablations / retrospective
NRNR из PDF. Режимы fixbb/strpred/codesign есть как configs.
Prospective
[MATRIX]Не заявлено в catalog/README как wet-lab prospective primary evidence.
Что можно утверждать осторожно
[INTERPRETATION]Существует released equivariant joint CDR diffusion. In silico design modes задокументированы. Количественные победы над baselines — только после чтения PDF.
Что не поддержано этим проходом
- Любые конкретные AAR/RMSD/energy numbers
- Experimental affinity
- Developability
Ограничения авторов
NRNR без Discussion PDF. Repo later archived.
Интерпретация
[INTERPRETATION]HDOCK и Rosetta не делать частью «нейронной архитектуры DiffAb».
Репозиторий
[CODE]diffab/models/diffab.py, modules/diffusion/dpm_full.py, configs/train/codesign_single.yml; commit c3e29666.
Источники
- [1] NeurIPS 2022 DiffAb PDF · источник
Нерешённые научные вопросы
- Весь Results section PDF